弥生时代
日本从绳文时代进入弥生时代，由中国传入水稻文化，人们才懂得以米为主要原材料酿制清酒。而酿造文化的起源地带一般被认为是在西日本九州的。当时，人们把谷物加热后用口啮碎，借口内唾液的酵素产生糖化作用，再以野生醇母发酵，这个就是日本最原始的酿造方法，被称为“口啮酒”法。
大和时代（4世纪~7世纪）
在大和时代，酿酒文化慢慢的在日本国内被传开。《古事记》、《日本书记》、《万叶集》、《风土记》等日本的文献里亦有记载。当时的清酒不是被称为“サケ”(sake)，广泛的有“キ”(ki)、“ミキ”(miki)、“ミワ”(miwa)、“クシ”(kushi)等各式各样的称呼。
远古时代的日本清酒原来不是作为一种饮料，而是作为食物。因当时的清酒酿制后都较为浆状，相当接近固体，那时一般都是食清酒多于饮清酒，在后期人们才懂得隔开酒滓饮用。
奈良时代（710年~784年）
奈良时代初期，以米趜的酿造法开始普及。当时日本的朝廷确立律令制度，设立造酒司，朝廷的酿造体制正式成立，而酿造技术就在这时开始盟芽及被提升。而各种文献在奈良时代亦开始出现，根据文献记载,，当时清酒巳分别有古酒、净酒、浊酒、白酒、粉酒等种类。
平安时代（794年~1185年）
在平安时代，政治性的祭事不可缺乏清酒，故清酒在宗教仪式上开始饰演一个很重要的角色。清酒在当时的社会里并不普及，一般庶民是没有机会饮用到清酒的。直至到中世的寺院里，僧人酿造的清酒受到很高的评价，清酒才变得平民化了。而寺院哭酿造的清酒，称之为“僧坊酒”。其他还有高野山的“天野酒”和奈良平城的“菩萨泉”。
鎌仓 室町时代（1185年~1573年）
平安末期到鎌仓时代，生活质素改善加上商业与经济繁盛，清酒需求增加。由朝廷的造酒司酿造酒演变成一般寺院和神社酿造的清酒，同时清酒亦被视为与米有同等经济价值的商品作流通，须则普及化了。但在1252年日本也曾实施过禁酒法。 根据南北朝的《御酒之日记》，室町初期清酒的酿造开始把趜、蒸米和水分开两次加入酿制，就是今天的“段仕込”酿造法。而且在《多闻院日记》中更明确地记述“火入”和“三段仕込”的酿制技术。意即现在的清酒酿造就在这时代成了最初的原型。
安土 桃山时代（1568年~1600年）
16世纪，清酒由寺院酒、神社酒的时代演变成地酒时代。各式各样的地区性品牌继而诞生，各地域性之间的酒庄在酒质和制造量等都有了激烈的竞争。同时也促进了清酒的多样化。另一方面，大木桶酿制技术在此时期出现，也大大改变了以往的产量。少瓶少壶的少量酿制技术被淘汰，清酒的生产量飞跃大增，正式开始了近代清酒工业的时代。
江户时代（1603年~1867年）
元禄11年(1698年)，清酒酿造的酒庄达至27,000间的记录。烧酎的混和法即酒精添加技术被开发。天保五至六年间(1834~5)位于神户滩五乡的宫水被发现，酿造用水之质素的重要性被确立，“滩之酒”被受注视。江户中期的海运输业发达，“滩之酒”从大阪地带放到“樽回船”上被运送到江户中心，成为庶民的人气商品。
明治时代（1868年~1912年）
新政府实施富国强兵政策，开始征收重税，也开始征收酒税。同时禁止自家酿造清酒。
明治5年(1872)首次有清酒输出到海外。明治15年(1882)酒庄数目达致16,000间，年间生产55万公秉。之后明治34年(1901)开始了一升(1.8公升)的容量之玻璃瓶包装，取缔了以往的木桶和小壶的容器。同年开发山废酿造法和速酿法，成为清酒制造业的不可欠缺的重要元素。明治44年(1911)，第一回全国新酒鉴评会开幕。
大正 昭和 平成时代（1912年~现代）
在大正以前，清酒的贮存用具大部份都是以杉木的木桶盛载，即“樽酒”为主流。直到明治时,，出现了“一升瓶”(1.8公升)的瓶装后则起了变化，当进入大正时代,，瓶装便开始普及，时至今日仍被广泛使用。
约在昭和10年(1935)，清酒酿造业迎接了新时代，变得更近代化和效率化，新型的计时器和先进机械等都在此面世。
昭和14年(1939)日本政府控制稻米，米统制政策开始，限制精米技术更限制清酒生产量。特别在中日战争开后，食粮短缺，清酒总产量减半。当时以水浠淡的清酒亦随之而出现。
昭和18年(1943)由以往的1级至4级之级别制度改为特级、1级和2级。第二次世界大战后，各地酒庄复兴，清酒市场很快出现不足情况。
昭和24年(1949)各酒庄开发“三倍增酿酒”的商品。之后昭和48年，日本政府禁止在清酒添加防腐剂，同期，清酒表示法更改，每瓶清酒必需张贴制造日期、原材料与及制造方法等相关资料。
东京奥运会、大阪世界博览会都加速清酒的需求量，“地酒”文化更加成为饮用潮流。之后也出现了纸盒装清酒。清酒的变化亦随世界改变，90年代经济蓬勃，市场对清酒味道质素等整体的要求都有很大变化。平成4年(1992)清酒级别制随之而废除，改为特定级别，即现代的吟酿和大吟酿等级别。
时至今日，日本清酒的文化既拥有着古代的传统，在酿造技术上亦有不断跃进的新元素，更与日本的食文化有不可分割的关系。
