博物馆于1983年筹建,1988年正式对外开放,旧馆原址位于举世闻名的风景名胜区—鼓浪屿上的八卦楼。是我国东南地区的一座重要的地方综合性博物馆,致力于我国东南地区特别是闽台两岸珍贵文化遗产的收藏、保护、研究与展示,利用博物馆直观的展品和各种展示手段,宣传国家文物政策,普及文物考古和历史知识,弘扬和保护中华民族优秀的文化遗产,保存历史记忆,激励人们树立民族自信心和爱国的高尚情操。博物馆的新馆就位于它的东北部,建筑面积25300平方米,展厅面积9597平方米,库房面积2800平方米。新馆较之旧馆,建筑面积扩大6倍。2006年6月,经中共厦门市委机构编制委员会批准,将厦门市郑成功纪念馆、厦门市文化遗产保护中心并入厦门市博物馆,如今的厦门市博物馆由厦门博物馆主馆、郑成功纪念馆、厦门经济特区纪念馆、厦门市文化遗产保护中心、思明破狱斗争陈列馆、陈公祠、陈胜元故居七个部分组成。博物馆现有“厦门历史陈列”、“闽台古石雕大观园”、“馆藏文物精品陈列”、“闽台民俗陈列”等基本陈列展对外开放。