保护区地处江苏中部沿海,是我国最大的滩涂湿地保护区之一,主要保护丹顶鹤等珍稀野生动物及其赖以生存的滩涂湿地生态系统。丹顶鹤,候鸟,国家一级重点保护动物,全球易危物种,仅有2000多只。每年约有近1000只丹顶鹤选择到盐城保护区越冬,这里是全球最大的丹顶鹤越冬地。整个冬天,它们在这里呼朋唤友、自由翱翔,最大的集群可以达到500只,成了保护区冬天的独特景观。保护区的淤积淤长型海岸带、丰富多样的滩涂湿地生态系统,孕育着异常丰富的生物多样性资源。区内有动植物2600余种,国家一级保护野生动物14种,二级保护85种,记录的402种鸟类中有11种为一级保护。保护区独特的地理位置,使其成为南北球候鸟迁徙的重要驿站。每年大约有近300万只候鸟迁徙中途休息此地,季节性居留和常年居留的鸟类达50多万只。其中最具代表性的便是雁鸭类、鸻鹬类和鹤类。